В марте 1992 года под руководством ректора Новосибирского государственного университета Юрия Леонидовича Ершова состоялось заседание ректоров г. Новосибирска, на котором было принято решение об организации Совета ректоров вузов НСО. На этом заседании председателем созданного Совета выбрали ректора Новосибирского электротехнического института Анатолия Сергеевича Вострикова. На очередном заседании созданного Совета ректоров по инициативе А.С. Вострикова было решено проводить ежегодно Годичное собрание вузов г. Новосибирска, на котором предполагалось подводить итоги научно-образовательной деятельности высшей школы города. Еще в 1990 году Совет ректоров г. Новосибирска уже функционировал по инициативе Обкома партии и руководил им ректор НГУ Ершов Ю.Л. Собирался он не регулярно и в основном по инициативе партийных функционеров для поддержки каких-либо их политических интересов. Совет ректоров является государственно-общественным объединением в системе профессионального образования Новосибирской области и одновременно выполняет функции регионального отделения Общероссийской общественной организации "Российского Союза ректоров", объединяя входящих в его состав ректоров высших и приравненных к ним учебных заведений. В разные годы Совет ректоров возглавляли руководители ведущих вузов города. В апреле 2005 года председателем Совета был избран ректор Новосибирского государственного технического университета Николай Васильевич Пустовой. В настоящее время в состав Совета входят 28 человек: ректоры государственных и негосударственных вузов, заместитель главы администрации области Геннадий Алексеевич Сапожников, заместитель мэра Новосибирска Владимир Андреевич Афанасьев, заместитель председателя СО РАН Вячеслав Иванович Молодин, генеральный директор Межрегиональной ассоциации руководителей предприятий Юрий Иванович Бернадский.