Совет ректоров высших учебных заведений Новосибирской области был создан в 70-е годы ХХ века. Совет ректоров является государственно-общественным объединением в системе профессионального образования Новосибирской области и одновременно выполняет функции регионального отделения Общероссийской общественной организации "Российского Союза ректоров", объединяя входящих в его состав ректоров высших и приравненных к ним учебных заведений. В разные годы Совет ректоров возглавляли руководители ведущих вузов города. В апреле 2005 года председателем Совета был избран ректор Новосибирского государственного технического университета Николай Васильевич Пустовой. В настоящее время в состав Совета входят 28 человек: ректоры государственных и негосударственных вузов, заместитель главы администрации области Геннадий Алексеевич Сапожников, заместитель мэра Новосибирска Владимир Андреевич Афанасьев, заместитель председателя СО РАН Вячеслав Иванович Молодин, генеральный директор Межрегиональной ассоциации руководителей предприятий Юрий Иванович Бернадский.